Cụm công trình đầu mối cống và âu thuyền Phủ Lý có nhiệm vụ bảo đảm tiêu thoát nước cho vùng phục vụ thuộc 5 huyện, thành phố trong tỉnh, gồm: Thị xã Duy Tiên, thành phố Phủ Lý và các huyện Lý Nhân, Bình Lục, Thanh Liêm. Khi trong khu vực nội đồng có mưa lớn, các trạm bơm, cống đưa nước ra sông Châu, công trình vận hành tiêu thoát ra sông Đáy (khi điều kiện mực nước sông Đáy thấp hơn). Cùng với đó, khi lũ trên sông Đáy lên cao, cống và âu thuyền Phủ Lý được đóng để ngăn nước tràn vào ảnh hưởng đến an toàn của tuyến đê sông Châu, cũng như đời sống, sinh hoạt và sản xuất của người dân…