Tại KCN Châu Sơn (TP.Phủ Lý) hiện có 2 nhà máy xử lý nước thải tập trung với công suất 5.900 m3/ngày đêm, bảo đảm việc thu gom và xử lý toàn bộ nước thải phát sinh của các cơ sở sản xuất, kinh doanh. Tuy vậy, thời gian qua hệ thống thoát nước thải, việc xả bụi, khí thải của một số doanh nghiệp ở KCN còn ảnh hưởng đến môi trường trong khu vực gây bức xúc trong nhân dân.