Thời gian qua một số cống tiêu thoát nước thải ở KCN Đồng Văn II xuống cấp; một số điểm tại KCN Đồng Văn I chưa trồng cây xanh đồng bộ. Người dân địa phương phản ánh, ở khu vực cổng Công ty TNHH GEMTEX Việt Nam khi trời mưa có nước đen thải ra bốc mùi hôi thối, gây mất vệ sinh môi trường. 

Tại KCN Châu Sơn (TP.Phủ Lý) hiện có 2 nhà máy xử lý nước thải tập trung với công suất 5.900 m3/ngày đêm, bảo đảm việc thu gom và xử lý toàn bộ nước thải phát sinh của các cơ sở sản xuất, kinh doanh. Tuy vậy, thời gian qua hệ thống thoát nước thải, việc xả bụi, khí thải của một số doanh nghiệp ở KCN còn ảnh hưởng đến môi trường trong khu vực gây bức xúc trong nhân dân.