Mạng lưới giao thông khá thuận lợi, nhưng trên tuyến còn có những tồn tại, bất cập làm ảnh hưởng đến việc lưu thông của các phương tiện và phát triển kinh tế, giao lưu văn hóa trong khu vực.

Đơn cử, trên luồng tuyến sông Đáy, sông Nhuệ, sông Châu có nhiều công trình vượt sông xây dựng từ lâu đến nay chưa được cải tạo, nâng cấp, hay một số công trình đường bộ còn xây dựng dở dang, chưa kết nối giữa các vùng. 

Tuyến đường cao tốc Pháp Vân – Cầu Giẽ - Ninh Bình qua địa phận Hà Nam dài 28,9 km có 2 nút giao là Vực Vòng và Liêm Tuyền, một cầu vượt Chằm Thị, một hầm chui Liêm Sơn, nhưng đến nay toàn tuyến chưa xây dựng đường gom cao tốc hai bên, chủ yếu là hiện trạng đường kênh mương của các địa phương.

Với tuyến đường bộ nối hai cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình với Hà Nội – Hải Phòng mới xây dựng hai làn xe, không có đường gom, trong khi đó mật độ phương tiện giao thông trên tuyến tăng cao ở mọi thời điểm, tiềm ẩn nhiều nguy cơ mất an toàn giao thông (ATGT).

Trên các tuyến QL chủ yếu là tuyến hỗn hợp giao cắt với nhiều tuyến đường dân sinh từ các khu dân cư. Hơn nữa, nhiều tuyến không có dải phân cách, mặt đường hẹp, chưa có hệ thống đường gom, một số đoạn chưa có đèn chiếu sáng ban đêm.

Cụ thể, như QL37B đoạn qua thị trấn Bình Mỹ (Bình Lục), xã Yên Nam (Duy Tiên); đặc biệt tại QL1 và QL38 đoạn qua phường Đồng Văn (Duy Tiên) thường xuyên xảy ra ùn tắc giao thông. Bên cạnh đó, một số tuyến ĐT như: ĐT493, ĐT495, ĐT496, ĐT498 đến nay chưa được đầu tư nâng cấp đồng bộ, hoàn chỉnh theo quy hoạch, một số đoạn thuộc các tuyến ĐT495C, ĐT494C thuộc địa bàn huyện Thanh Liêm xuống cấp nghiêm trọng.

Về kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa, hiện nay các tàu chủ yếu lưu thông trên tuyến sông Hồng, sông Đáy; các tuyến sông còn lại lưu thông khó khăn do chưa khơi thông luồng lạch, mực nước thấp và vướng đập thủy lợi.

Ngoài ra, trên luồng tuyến có một số công trình vượt sông nhưng chưa được cải tạo đồng bộ, như: cầu đường sắt trên tuyến đường sắt Bắc - Nam, cầu đường bộ (cầu Phủ Lý trên QL1). Một số công trình cầu qua địa phận TP Phủ Lý có cao độ đáy dầm thấp làm giảm khả năng lưu thông, kết nối giữa các tuyến sông Châu với sông Hồng, sông Đáy. 

Theo đánh giá của ngành chức năng, hiện các tuyến đường thủy nội địa trên địa bàn đang trong tình trạng thiếu nước nghiêm trọng, mực nước bình quân trên tuyến sông Châu, sông Nhuệ ở mức từ 2,8m – 3m, khó khăn cho các tàu có trọng tải lớn ra vào, nhất là vào mùa khô. Bên cạnh đó, các bến hàng hóa có quy mô, công suất nhỏ, không đáp ứng được khối lượng hàng hóa và các loại tàu thuyền lớn hoạt động.

Đáng chú ý, hiện nay trên địa bàn có nhiều điểm bến rót vật liệu xây dựng tự phát ven sông Đáy ảnh hưởng đến môi trường, cảnh quan dọc hai bờ sông gây mất trật tự ATGT và vi phạm quy hoạch xây dựng, quy hoạch sử dụng đất.

Toàn tỉnh hiện có 18 cảng, trong đó sông Hồng 4 cảng và sông Đáy 14 cảng nằm trong Quy hoạch cảng thủy nội địa phía Bắc được Bộ Giao thông vận tải phê duyệt tiếp nhận tàu lớn nhất từ 1.000 – 3.000 tấn. Song, tại các cảng đang hoạt động hệ thống sân bãi, khu vực xuất nhập hàng còn hạn chế, chưa phục vụ mục tiêu cảng dùng chung, bên cạnh đó việc kết nối với đường bộ còn nhiều bất cập.

Một số cảng, bến được Cục Đường thủy nội địa cấp phép nhưng không phù hợp với quy hoạch xây dựng, quy hoạch sử dụng đất, không có khả năng kết nối hạ tầng và thời gian hoạt động ngắn, như: cảng thủy nội địa Châu Sơn (TP Phủ Lý). Cùng với đó, hiện nay hầu hết các bến thủy nội địa đều hình thành tự phát theo yêu cầu của tuyến vận tải và các chủ tàu, chủ doanh nghiệp khai thác vật liệu xây dựng, nhà máy xi măng. Việc bốc xúc hàng hóa tại các bến thủy nội địa chủ yếu bằng thủ công và băng tải, cầu chuyên dùng nên việc giải phóng tàu chậm. Các bến hàng hóa hoạt động trên sông Hồng, sông Đáy, cỡ tàu tiếp nhận lớn nhất từ 500 – 1.000 tấn và 5 bến khách ngang sông, cỡ tàu lớn nhất 12 ghế nhưng hầu hết các bến không được cấp phép hoặc giấy phép đã hết hiệu lực.

Mặc dù, những năm qua từ nguồn vốn Trung ương, địa phương đã quan tâm đầu tư, nhưng kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ, đường thủy nội địa ở tỉnh ta vẫn còn nhiều tồn tại. Để đáp ứng yêu cầu đi lại, vận chuyển hàng hóa, bảo đảm ATGT trên địa bàn, rất mong các cấp, ngành quan tâm, tiếp tục ưu tiên vốn xây dựng và hoàn thiện các tuyến giao thông.