Quy trình gồm 3 bước: Bước chuẩn bị; bước tiến hành và bước kết thúc. Theo đó, Ủy ban Kiểm tra Trung ương (hoặc cơ quan tham mưu, giúp việc Bộ Chính trị, Ban Bí thư được Thường trực Ban Bí thư giao) làm việc với người tố cáo để xác định rõ danh tính, địa chỉ người tố cáo; tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo và nội dung tố cáo.

Bộ Chính trị, Ban Bí thư sẽ ban hành quyết định thành lập đoàn và kế hoạch giải quyết tố cáo; căn cứ tính chất, nội dung tố cáo để quyết định trưởng đoàn, thành phần, số lượng thành viên đoàn kiểm tra cho phù hợp. Thời hạn giải quyết tố cáo không quá 180 ngày, kể từ ngày ban hành quyết định thành lập đoàn kiểm tra. Trường hợp cần thiết có thể quyết định gia hạn thời gian giải quyết nhưng không quá 60 ngày.

Ở giai đoạn thẩm tra, xác minh, Đoàn kiểm tra sẽ nghiên cứu báo cáo, hồ sơ, tài liệu và chứng cứ nhận được; tiến hành thẩm tra, xác minh, làm việc với người tố cáo, các tổ chức, cá nhân có liên quan. Trong quá trình thẩm tra, xác minh, Đoàn kiểm tra gặp và làm việc trực tiếp với người tố cáo (nếu cần) và thực hiện biện pháp bảo vệ người tố cáo theo quy định.

Trường hợp vi phạm đã rõ, đến mức phải kỷ luật và tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo tự giác kiểm điểm, nhận hình thức kỷ luật tương xứng với hành vi vi phạm, Trưởng Đoàn kiểm tra báo cáo Thường trực Ban Bí thư cho kết hợp thực hiện quy trình thi hành kỷ luật cùng với quy trình giải quyết tố cáo (quy trình kép).

Ở bước cuối cùng, Hội nghị Bộ Chính trị, Ban Bí thư sẽ xem xét, kết luận.