Theo Tổng Cục Quản lý Đất đai, bên cạnh những mặt được, thì thị trường đất đấu giá còn một số tồn tại, hạn chế. Trong đó có hiện tượng trả giá rất cao một số lô đất rồi bỏ cọc nhằm gây hiệu ứng tạo mặt bằng giá ảo để mua đi, bán lại nhiều lô đất đã trúng đấu giá khác hoặc bán ra các lô đất đã mua gom trong khu vực nhằm thu lợi; có tình trạng "cò" đấu giá, "quân xanh - quân đỏ"; có hiện tượng chưa có chế tài xử lý khoản tiền người trúng đấu giá đã nộp dở dang trong trường hợp phải hủy hợp đồng trúng đấu giá đất…

Trước những bất cập trên, Tổng Cục Quản lý Đất đai kiến nghị đưa ra các kiến nghị, trong đó tập trung rà soát để quy định thống nhất trình tự, thủ tục trong tổ chức thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất.

Quy định điều kiện vốn chủ sở hữu, cam kết bảo lãnh của ngân hàng, tính khả thi về huy động vốn, tính khả thi về phương án đầu tư kinh doanh trên khu đất trúng đấu giá.

Sửa đổi Luật Đất đai và các luật khác có liên quan để có chính sách tạo cơ chế thuận lợi cho việc thu hồi đất theo quy hoạch, đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng đồng bộ để tạo quỹ đất, tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất.

Cùng đó, bổ sung quy định ngay sau khi cuộc bán đấu giá kết thúc, người trúng đấu giá phải nộp ngay số tiền đặt cọc để đảm bảo thực hiện hợp đồng theo kết quả trúng đấu giá tại cuộc bán đấu giá và phải tính theo giá trị kết quả trúng đấu giá.

Bổ sung quy định về việc dừng cuộc đấu giá khi có dấu hiệu bất thường trong việc đẩy giá trúng đấu giá lên quá cao, gây hiệu ứng tiêu cực.

Bổ sung quy định xử lý thu hồi nộp vào ngân sách nhà nước khoản tiền người trúng đấu giá đã nộp dở dang trong trường hợp phải hủy hợp đồng trúng đấu giá đất.

Bổ sung quy định về thời hạn nộp tiền trúng đấu giá, không cho phép chậm và phạt chậm nộp như quy định chung của pháp luật về quản lý thuế.