Các ý kiến cơ bản nhất trí với sự cần thiết sửa đổi Luật Thanh tra hiện hành nhằm thể chế hóa chủ trương, chính sách của Đảng, cụ thể hóa quy định của Hiến pháp liên quan công tác thanh tra. Đồng thời, khắc phục những bất cập, hạn chế, vướng mắc trong thực tiễn triển khai luật thời gian qua, góp phần nâng cao hiệu quả hoạt động thanh tra đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ trong tình hình mới.

Theo quy định của Luật Thanh tra hiện hành, có ba hình thức thanh tra là: Thanh tra theo kế hoạch, thanh tra thường xuyên, thanh tra đột xuất. Dự thảo luật đã lược bỏ hình thức thanh tra thường xuyên. Trưởng Ban Công tác đại biểu của Ủy ban Thường vụ Quốc hội Nguyễn Thị Thanh tán thành dự thảo quy định này và cho rằng, thanh tra thường xuyên thực chất là hoạt động theo kế hoạch của cơ quan quản lý nhà nước. Việc bỏ hình thức thanh tra thường xuyên sẽ góp phần khắc phục tình trạng “chồng chéo, trùng lặp" dẫn đến lạm dụng, khó phân biệt giữa thanh tra và kiểm tra.

Về việc xử lý chồng chéo, trùng lặp trong hoạt động thanh tra, giữa hoạt động thanh tra với kiểm tra, kiểm toán. Từ chỗ nhận thấy rõ thực trạng “hoạt động thanh tra, kiểm tra của các ngành dày đặc, gây bức xúc cho đối tượng thanh tra, kiểm tra”, Chính phủ đã chỉ đạo đưa vào dự thảo luật nhiều quy định nhằm khắc phục tình trạng này. Tuy nhiên, nhiều ý kiến đề nghị bổ sung quy định rõ trách nhiệm của các cơ quan quản lý nhà nước ở Trung ương và địa phương, các cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán trong việc chỉnh lý các quy định phối hợp, phân định chức năng, nhiệm vụ, khi xây dựng kế hoạch thanh tra cần loại bỏ ngay những nội dung có nguy cơ dẫn đến chồng chéo, trùng lặp.

Về hệ thống cơ quan thanh tra theo cấp hành chính: Dự thảo luật giữ nguyên hệ thống tổ chức cơ quan thanh tra theo cấp hành chính, gồm: Thanh tra Chính phủ, Thanh tra tỉnh, Thanh tra huyện. Thường trực Ủy ban Pháp luật của Quốc hội đề nghị không tổ chức cơ quan thanh tra cấp huyện vì Báo cáo tổng kết thi hành Luật Thanh tra đã chỉ rõ ở cấp huyện không có nhiều nhu cầu thanh tra, biên chế rất ít, nên không phát huy được hiệu quả. Từ đó, giảm đầu mối cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp huyện (713 Thanh tra huyện) để phù hợp với chủ trương của Đảng về tinh gọn tổ chức bộ máy, tinh giản biên chế;

Tuy nhiên, cho ý kiến về nội dung này, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính, Ngân sách của Quốc hội Nguyễn Phú Cường tán thành quan điểm tiếp tục duy trì thanh tra huyện như hiện nay vì cho rằng tổ chức thanh tra hành chính ở cấp huyện đã có quá trình hình thành và phát triển ổn định lâu dài, cơ bản đến nay vẫn phù hợp. Đây là cơ quan rất quan trọng trong việc tham mưu, tổ chức thực hiện công tác thanh tra, phòng, chống tham nhũng, tiêu cực, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo. Những vấn đề bất cập trong tổ chức và hoạt động của Thanh tra huyện hiện không phải do thiết chế này không còn phù hợp mà cần được quan tâm giải quyết, bảo đảm đủ điều kiện, năng lực để hoàn thành các nhiệm vụ được giao.