Từ năm 2005 trở về trước, nguồn lợi thủy sản tự nhiên của tỉnh khá dồi dào. Khi đó, mỗi năm sản lượng thủy sản khai thác tự nhiên đạt hơn 1.800 tấn, chiếm đến hơn 20% tổng sản lượng thủy sản của tỉnh. Ở một số nơi, nhất là khu vực ven sông, nhiều người dân sống được bằng nghề đánh bắt thủy sản tự nhiên, như: khu vực ven sông Đáy tại xã Liên Sơn (Kim Bảng), làng chài Lê Lợi, xã Phù Vân (thành phố Phủ Lý), một số vùng ven sông Hồng của xã Chuyên Ngoại (thị xã Duy Tiên); Nhân Thịnh, Phú Phúc (Lý Nhân)… Nhiều khu vực hồ, đầm, kênh mương trong đồng cũng là nơi người dân khai thác thủy sản tự nhiên. Những loại thủy sản tự nhiên khai thác được đánh giá có chất lượng, một số loại đặc sản có giá trị cao, như: Cá quả, cá chép, cá ngạnh, cá măng, cá chạch, lươn, tôm, ba ba...

Thực tế, nguồn lợi thủy sản tự nhiên hiện vẫn còn và đang được duy trì khai thác ở một số vùng. Trên tuyến sông Hồng, thủy sản được khai thác tập trung vào mùa cá mòi di cư từ vùng nước mặn, nhiệt độ thấp lên vùng nước ngọt, ấm áp để đẻ trứng (khoảng từ tháng 2 đến tháng 5 âm lịch). Thời điểm này, có hàng chục thuyền của người dân các xã ven sông giăng lưới, bình quân mỗi ngày thu từ 20 – 50 kg cá mòi/thuyền. Cùng với đó, người dân vẫn thường xuyên đánh bắt các loại thủy sản khác như: Cua da, cá chày (còn gọi là dói), cá chép, cá thiểu… Trên sông Đáy, ở khu vực thành phố Phủ Lý, huyện Kim Bảng người dân vẫn thường xuyên đánh bắt, khai thác các loại thủy sản tự nhiên. Ông Phạm Anh Tuấn, Chi cục trưởng Chi cục Chăn nuôi và thú y (Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) cho biết: Là vùng đồng chiêm trũng, có nhiều tuyến sông chảy qua, có những giai đoạn việc khai thác nguồn lợi thủy sản tự nhiên là thế mạnh, đóng góp quan trọng cả về sản lượng và giá trị chung của toàn ngành. Tuy nhiên, thế mạnh thủy sản tự nhiên đang dần mất đi, hiện chỉ còn chiếm một phần nhỏ trong tổng sản lượng và giá trị thủy sản chung của tỉnh.

Hiện nay, nguồn lợi thủy sản tự nhiên đang ngày càng ít đi cả về số lượng và diện tích khai thác, với sản lượng thủy sản khai thác chỉ bằng khoảng 20% thời gian cao điểm. Cùng với đó, nhiều người trước đây gắn bó với nghề chài, lưới, nay đã lên bờ chuyển sang làm nghề khác. Có một số nguyên nhân dẫn đến nguồn thủy sản tự nhiên dần cạn kiệt. Đó là do quá trình đô thị hóa, nhiều dự án giao thông, khu dân cư, các công trình công cộng hình thành làm thu hẹp đáng kể diện tích hồ, đầm tự nhiên. Sự phát triển của các loại dụng cụ đánh bắt thủy sản làm cạn kiệt, như: kích điện, lờ bát quái. Riêng với hình thức kích điện tận diệt thủy sản đã bị cấm sử dụng, nhưng vẫn còn khá nhiều người vi phạm. Một vấn đề quan trọng nữa là môi trường đang bị ô nhiễm ảnh hưởng nghiêm trọng đến thủy sản tự nhiên. Đối với đồng ruộng, việc lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật trong quá trình sản xuất làm ô nhiễm nguồn nước dẫn đến các loại thủy sản trên ruộng, kênh bị chết. Trên một số tuyến sông của tỉnh đang bị ô nhiễm nặng đã ảnh hưởng rất lớn đến môi trường sống của các loại cá, tôm…

Trong tháng 8 vừa qua, ngành nông nghiệp đã tổ chức hoạt động thả 15.000 con cá giống tái tạo nguồn lợi thủy sản trên sông Đáy (thuộc địa bàn các xã Ngọc Sơn, Liên Sơn, huyện Kim Bảng). Đây là hoạt động rất có ý nghĩa giúp nâng cao nhận thức cho người dân về việc khai thác, đánh bắt thủy sản hợp lý, không tận diệt. Đồng thời, đây cũng là hoạt động thiết thực tuyên truyền việc bảo vệ môi trường nguồn nước nói chung, nhất là không xả thải trực tiếp ra sông, hồ có nguồn thủy sản tự nhiên…

Việc bảo vệ môi trường, nguồn lợi thủy sản tự nhiên là rất cần thiết, do vậy, rất cần sự quan tâm, phối hợp của các cấp, ngành chức năng trong việc tăng cường quản lý và đẩy mạnh công tác tuyên truyền nâng cao ý thức trách nhiệm của người dân về bảo vệ môi trường, không đánh bắt thủy sản tự nhiên dưới mọi hình thức có nguy cơ tận diệt; xử phạt nghiêm những trường hợp sử dụng kích điện đánh bắt cá tự nhiên… nhằm bảo vệ, khai thác hợp lý nguồn lợi thủy sản tự nhiên, giúp cân bằng sinh thái và có đóng góp tích cực trong việc nâng cao sản lượng và tốc độ tăng trưởng nuôi trồng thủy sản.