Thực tế quá trình vận hành tiêu úng trong các đợt mưa lớn cho thấy, nhiều trạm bơm lớn mới chỉ hoạt động được một phần so với công suất thiết kế. Ví như Trạm bơm Kinh Thanh 2, mặc dù được thiết kế xây dựng có 4 tổ máy, tổng công suất hơn 120 nghìn m3/giờ tiêu chính cho các xã trong nội đồng của huyện Thanh Liêm. Tuy nhiên, trong các đợt mưa lớn, gây ngập úng sâu trên đồng ruộng, các máy của trạm bơm Kinh Thanh 2 không có nguồn để bơm. Nguyên nhân chính dẫn đến tình trạng này là do: Trạm bơm Kinh Thanh 2 có chung bể hút với trạm bơm Kinh Thanh 1 gần đấy, lại nằm ở vị trí cao hơn, nước chủ yếu tiêu về cho trạm 1 hoạt động; tuyến kênh tiêu chính KN về trạm bơm do có đoạn không giải phóng mặt bằng được nên đã tạo thành “nút thắt cổ chai”; kênh lâu ngày bị bồi lắng làm hẹp dòng chảy... Cùng với trạm bơm Kinh Thanh 2, hiện có 3 trạm bơm công suất lớn tại thành phố Phủ Lý mới được đầu tư xây dựng từ nguồn hỗ trợ của Vương quốc Bỉ nhưng đều chưa phát huy nhiều khả năng hoạt động, gồm: Trạm bơm Ngòi Ruột, trạm bơm Thịnh Châu và trạm bơm Triệu Xá.

Tại Trạm bơm Ngòi Ruột hiện có 4 tổ máy, công suất hơn 50 nghìn m3/giờ đảm nhiệm tiêu úng cho Khu công nghiệp Châu Sơn, một phần khu dân cư và sản xuất nông nghiệp của thành phố Phủ Lý và 2 xã Thanh Sơn, Thi Sơn (Kim Bảng). Tuy nhiên, hệ thống đang thiếu đồng bộ, tuyến kênh dẫn chưa được xây dựng mới nên việc chuyển nước về trạm bơm đầu mối gặp khó khăn. Trong đợt mưa lớn nửa cuối tháng 7 vừa qua khi tổng lượng mưa tại địa bàn lên đến trên 500 mm, nước trên đồng lớn nhưng trạm bơm chỉ hoạt động được từ 1 – 2 máy. Hay trạm bơm Triệu Xá, tuy được đầu tư máy bơm hiện đại nhưng lại nằm ở nơi cốt cao, nước chảy ngược dòng rất khó phát huy. Vì vậy, Trạm bơm Đinh Xá vẫn đang phải hỗ trợ tiêu. Ông Đỗ Quang Hiển, Giám đốc Xí nghiệp Thủy nông Bình Lục cho biết: Tuy có trạm bơm Triệu Xá, nhưng trạm bơm Đinh Xá vẫn đang tiêu cho phần lớn diện tích trong vùng của thành phố Phủ Lý. Có thời điểm trạm bơm Đinh Xá phải hoạt động liên tục 20 – 25 ngày, trong khi nếu chỉ tiêu đúng như thiết kế chỉ bằng khoảng 50% thời gian…

Các trạm bơm chưa phát huy được hiệu quả hoạt động, hệ thống thủy lợi tiêu úng còn nhiều bất cập; các tuyến kênh tiêu từ mặt ruộng, đến nội đồng và kênh chính chưa đồng bộ. Tình trạng bèo, rác, bồi lắng thường xảy ra nhiều ở các kênh tiêu cấp 3 nội đồng, ảnh hướng đến việc tiêu thoát nước từ các cánh đồng ra kênh chính về trạm bơm đầu mối. Một số tuyến kênh chính lâu ngày chưa được nạo vét cũng ảnh hưởng đến năng lực hoạt động. Việc xây dựng các dự án giao thông thời gian qua đã làm ảnh hưởng đến kênh tiêu do khi đặt cống ở một số công trình không bảo đảm về cao trình, mặt cắt… Nếu nhìn tổng thể có thể thấy, hệ thống tiêu úng ở một số địa phương hiện chưa theo kịp yêu cầu phát triển. Điển hình, như huyện Kim Bảng, do các dự án phát triển nhanh, việc đầu tư hệ thống tiêu úng mới chưa kịp thời, các trạm bơm cũ đều quá tải. Hầu hết, các trạm bơm tiêu Tân Sơn và Hoàng Tây đang bị vượt công suất thiết kế từ 8 – 10 lần. Theo ông Lê Văn Hòa, Giám đốc Công ty TNHH MTV Khai thác công trình thủy lợi Hà Nam, hệ thống thủy lợi phục vụ tiêu úng của tỉnh hiện cơ bản chỉ đáp ứng được khi lượng mưa 200 mm, trong thời gian 3 ngày. Tuy nhiên, khi có lượng mưa lớn, kéo dài, quá trình tiêu úng sẽ gặp khó khăn... Vì vây, để khắc phục những bất cập của hệ thống thủy lợi phục vụ tiêu úng, trước mắt, các Hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp, đơn vị thủy nông cần tăng cường vệ sinh kênh mương, khơi thông dòng chảy giúp bảo đảm tiêu thoát nước nhanh khi có mưa lớn xảy ra trên địa bàn. Đồng thời, theo dõi chặt chẽ dự báo các đợt mưa lớn tiêu kiệt nước đệm về dưới mực nước thiết kế trên các tuyến kênh tiêu, chủ động khoanh vùng, thực hiện tiêu úng cục bộ tại những vùng trũng, xa kênh tiêu chính… Về  lâu dài, cần có sự đầu tư nâng cấp, xây dựng tạo sự đồng bộ cho hệ thống thủy lợi tiêu úng từ kênh mương đến trạm bơm. Như vậy, mới đáp ứng được yêu cầu phục vụ ngày càng cao, kết hợp cả tiêu úng cho sản xuất nông nghiệp, đô thị, khu công nghiệp của hệ thống thủy lợi tiêu úng. Qua đó, góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội trên địa bàn tỉnh.