Quyết định số 139-QĐ/TW có hiệu lực từ ngày ký và thay thế Quyết định số 173-QĐ/TW, ngày 08/7/2008 của Bộ Chính trị (khoá X) ban hành Quy trình kiểm tra của Bộ Chính trị, Ban Bí thư. Quyết định nêu rõ, Quy trình kiểm tra của Bộ Chính trị, Ban Bí thư gồm 3 bước: Chuẩn bị, tiến hành và kết thúc.

Bước chuẩn bị gồm thành lập đoàn kiểm tra và xây dựng kế hoạch kiểm tra. Theo đó, Ủy ban Kiểm tra Trung ương căn cứ vào chương trình, kế hoạch kiểm tra hàng năm; chỉ đạo của Bộ Chính trị , Ban Bí thư chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan tham mưu xây dựng, ban hành quyết định, kế hoạch kiểm tra của Bộ Chính trị, Ban Bí thư, đề cương báo cáo kết quả tự kiểm tra của đối tượng kiểm tra.

Bộ Chính trị, Ban Bí thư ban hành quyết định, kế hoạch kiểm tra. Căn cứ tính chất, nội dung kiểm tra quyết định thành phần, số lượng thành viên đoàn kiểm tra. Phân công Ủy viên Bộ Chính trị hoặc Ủy viên Ban Bí thư làm trưởng đoàn kiểm tra. Thời gian kiểm tra không quá 180 ngày, trường hợp cần thiết có thể quyết định gia hạn thời gian nhưng không quá 60 ngày. Đoàn kiểm tra dự kiến lịch làm việc của đoàn, nội quy hoạt động, phân công nhiệm vụ cho từng thành viên đoàn kiểm tra; chuẩn bị các văn bản, tài liệu có liên quan…

Bước tiến hành, đoàn kiểm tra hoặc đại diện đoàn kiểm tra triển khai quyết định, kế hoạch kiểm tra, thống nhất lịch làm việc với đối tượng kiểm tra và đại diện tổ chức đảng quản lý đảng viên (nếu đối tượng kiểm tra là đảng viên); yêu cầu đối tượng kiểm tra chuẩn bị báo cáo theo đề cương gợi ý, cung cấp hồ sơ, tài liệu; chỉ đạo việc tổ chức, cá nhân có liên quan phối hợp thực hiện. Đối tượng kiểm tra chuẩn bị báo cáo tự kiểm tra bằng văn bản và các hồ sơ, tài liệu có liên quan gửi Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư (qua đoàn kiểm tra).

Sau khi Đoàn kiểm tra thẩm tra, xác minh sẽ tổ chức hội nghị thông qua dự thảo báo cáo kết quả kiểm tra (tổ chức đảng là đối tượng kiểm tra hoặc quản lý trực tiếp đảng viên được kiểm tra chủ trì và ghi biên bản hội nghị). Đồng thời đoàn kiểm tra tiếp tục thẩm tra, xác minh những nội dung chưa rõ hoặc còn ý kiến khác nhau; hoàn chỉnh dự thảo báo cáo kết quả kiểm tra trình Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư (qua Ủy ban Kiểm tra Trung ương).

Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư giao Ủy ban Kiểm tra Trung ương tổng hợp kết quả kiểm tra của các đoàn, phối hợp với Văn phòng Trung ương Đảng gửi dự thảo báo cáo kết quả kiểm tra đến các Ủy viên Bộ Chính trị hoặc Ủy viên Ban Bí thư theo Quy chế làm việc.

Bước kết thúc, sẽ tổ chức Hội nghị Bộ Chính trị, Ban Bí thư xem xét, kết luận. Tại Hội nghị, Uỷ ban Kiểm tra Trung ương sẽ báo cáo tổng hợp kết quả kiểm tra của các đoàn, ý kiến của đối tượng kiểm tra và các đề xuất, kiến nghị của các tổ chức, cá nhân có liên quan; hội nghị thảo luận, kết luận.

Trường hợp kết luận đối tượng kiểm tra vi phạm đến mức phải xem xét, xử lý kỷ luật và tự giác kiểm điểm, tự nhận hình thức kỷ luật thì Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư xem xét, quyết định hoặc báo cáo Ban Chấp hành Trung ương Đảng xem xét, quyết định theo thẩm quyền. Trường hợp đối tượng kiểm tra chưa tự giác, không nhận trách nhiệm thì tiến hành kiểm tra hoặc chỉ đạo Uỷ ban Kiểm tra Trung ương tiến hành kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm.

Đoàn kiểm tra hoàn chỉnh báo cáo kết quả kiểm tra, phối hợp với Văn phòng Trung ương Đảng xây dựng thông báo kết luận kiểm tra trình Thường trực Ban Bí thư ký, ban hành.

Đại diện Bộ Chính trị hoặc Ban Bí thư thông báo hoặc uỷ quyền cho đoàn kiểm tra thông báo kết luận kiểm tra đến đối tượng kiểm tra và các tổ chức, cá nhân có liên quan để thực hiện.

Đoàn kiểm tra họp rút kinh nghiệm; hoàn chỉnh hồ sơ, bàn giao cho Văn phòng Trung ương Đảng lưu trữ theo quy định.

Ủy ban Kiểm tra Trung ương được giao đôn đốc, giám sát đối tượng kiểm tra thực hiện kết luận kiểm tra; định kỳ báo cáo Bộ Chính trị, Ban Bí thư./.