Các đội chia thành 2 bảng đá vòng tròn một lượt chọn các đội đứng nhất, nhì bảng vào vòng bán kết. Bảng A gồm: Hà Nội I Wantabe, PPHN, TPHCM II, Thái Nguyên T&T. Bảng B gồm: TPHCM I, TKSVN, Hà Nội II Wantabe. Các trận đấu được diễn ra trên 2 địa điểm sân Thanh Trì và sân Trung tâm Đào tạo bóng đá trẻ Việt Nam (Hà Nội). Các trận đấu bắt đầu diễn ra từ ngày 20/4/2021.

Nằm ở bảng A, Hà Nội I Wantabe và PPHN đều dễ dàng vượt qua Thái Nguyên T&T và TPHCM II. Ở trận đối đầu xác định ngôi nhất, nhì, chơi ngang cơ 2 đội đã cống hiến trận đấu đẹp mắt với tỷ số hòa 1 – 1. Cùng có 7 điểm như nhau nhưng do hơn PPHN ở chỉ số phụ nên Hà Nội I Wantabe giành ngôi đầu bảng. 

Ở bảng B giành ngôi nhất, nhì là TPHCM I và TKSVN. Chiều 3/5, trận bán kết I đã diễn ra giữa 2 đội Hà Nội I Wantabe và TKSVN. Sở hữu nhiều cầu thủ tuyển quốc gia và với kỹ thuật vượt trội, Hà Nội I Wantabe đã đánh bại TKSVN với 2 pha ghi bàn đẹp mắt dành vé vào chung kết.

Diễn ra sau một ngày, chiều 4/5, PPHN chạm trán ĐKVĐ TPHCM I ở trận bán kết 2. Nỗ lực rất nhiều nhưng do thiếu nhiều cầu thủ trụ cột, PPHN đã để thua TPHCM I ở phút 85 của trận đấu.

Trận chung kết Giải Bóng đá nữ Cúp quốc gia 2021 giữa TPHCM I và Hà Nội I Wantabe sẽ diễn ra vào chiều 8/5.