Thông tư quy định rõ về điều kiện áp dụng. Theo đó, doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ phải đáp ứng các điều kiện sau:

Được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ;

Doanh thu hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu hàng năm của doanh nghiệp;

Doanh thu được tạo ra từ dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là doanh thu từ dịch vụ mới, không bao gồm các dịch vụ đã có trên thị trường;

Doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong kỳ để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện phân bổ theo quy định tại Khoản 2 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12.

Để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai.

Ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo Thông tư, mức và thời gian ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.

Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ được tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì năm đầu tiên tính thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Trong thời gian đang được ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu năm nào doanh nghiệp khoa học và công nghệ không đáp ứng điều kiện về doanh thu của các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu năm của doanh nghiệp thì năm đó doanh nghiệp khoa học và công nghệ không được hưởng ưu đãi và được tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Doanh nghiệp khoa học và công nghệ tự xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi và kê khai vào Bảng kê ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ kèm theo Thông tư này. Bảng kê ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp được gửi kèm theo tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 01/3/2021.