Trong thông báo ngày 26/9, Phủ Tổng thống Hàn Quốc cho biết tiến hành điều tra là cần thiết vì cách giải thích của phía Triều Tiên về vụ việc này có một số điều khác biệt so với phía Seoul.

Sau cuộc họp Hội đồng An ninh quốc gia (NSC) tối 25/9, Chính phủ Hàn Quốc quyết định đề nghị điều tra sâu hơn và gợi ý tổ chức một cuộc điều tra chung giữa hai bên nếu cần thiết. Phủ Tổng thống cho biết: "Vì còn tồn tại những khác biệt giữa cách giải thích của Triều Tiên và phân tích tình báo của chúng tôi, chúng tôi quyết định tiếp tục cuộc điều tra của mình về sự cố trên để làm rõ sự thật". Nhà Xanh cũng cam kết "nhanh chóng có những bước đi nhằm tăng cường giám sát Biển Hoàng Hải để tránh tái diễn những vụ việc tương tự".

Theo quân đội Hàn Quốc, ngày 21/9, quân đội Triều Tiên đã bắn chết một quan chức Bộ Đại dương và Thủy sản Hàn Quốc, 47 tuổi. Người này đã mất tích trưa 21/9 khi đang thực hiện nhiệm vụ trên một tàu tuần tra ở vùng biển ngoài khơi đảo Yeonpyeong. Nhà lãnh đạo Triều Tiên Kim Jong-un đã bày tỏ xin lỗi Tổng thống Moon Jae-in và người dân Hàn Quốc về vụ việc này. Triều Tiên cho biết quân đội định bắn vật mà quan chức trên bám vào để nổi trên mặt nước, không định bắn vào người này.