Đại hội đã tập trung thảo luận, đóng góp ý kiến vào nội dung các văn kiện Đại hội toàn quốc lần thứ XIII của Đảng; thảo luận nội dung Báo cáo chính trị của Quân ủy Trung ương trình Đại hội Đảng bộ Quân đội lần thứ XI. Đại hội đã bầu Ban Chấp hành Đảng bộ Quân khu 3 nhiệm kỳ 2020-2025. Ban Chấp hành Đảng bộ Quân khu 3 nhiệm kỳ 2020-2025 họp phiên đầu tiên bầu Ban Thường vụ Đảng ủy Quân khu, Bí thư, Phó Bí thư Đảng ủy Quân khu, Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy Quân khu. Trung tướng Nguyễn Quang Cường, Chính ủy Quân khu được bầu giữ chức Bí thư Đảng ủy; Thiếu tướng Nguyễn Quang Ngọc, Phụ trách Tư lệnh Quân khu được bầu giữ chức Phó Bí thư Đảng ủy; Thiếu tướng Bùi Công Chức được bầu giữ chức Chủ nhiệm UBKT Đảng ủy Quân khu. Đại hội cũng đã tiến hành bầu đoàn đại biểu dự Đại hội Đảng bộ Quân đội lần XI, các đồng chí trúng cử với số phiếu tín nhiệm cao. 

Phát biểu bế mạc đại hội, Trung tướng Nguyễn Quang Cường, Bí thư Đảng ủy Quân khu khẳng định: Các văn kiện được thông qua tại đại hội là sự tổng kết sâu sắc thực tiễn và lý luận từ quá trình lãnh đạo của đảng bộ nhiệm kỳ qua; tiếp tục khẳng định, cụ thể hóa đường lối, quan điểm của Đảng về nhiệm vụ quân sự, quốc phòng, là kết tinh trí tuệ, ý chí, nguyện vọng của đảng bộ, LLVT quân khu.

Thành công của đại hội, trước hết có sự lãnh đạo, chỉ đạo chặt chẽ của Thường vụ Quân ủy Trung ương, hướng dẫn của các cơ quan chức năng Quân ủy Trung ương, Bộ Quốc phòng, tinh thần đoàn kết thống nhất cao về nhận thức, ý chí, hành động của 264 đảng viên tiêu biểu dự đại hội, tạo sức mạnh tinh thần to lớn, cổ vũ, động viên cán bộ, chiến sĩ LLVT quân khu phấn đấu vươn lên hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ.

Sau đại hội, cấp ủy, tổ chức đảng các cấp trong toàn đảng bộ cần tổ chức tốt việc nghiên cứu, quán triệt các văn kiện đại hội, tuyên truyền sâu rộng trong toàn đảng bộ, LLVT quân khu về kết quả đại hội; khẩn trương bổ sung, triển khai thực hiện các chương trình, kế hoạch hành động sớm đưa nghị quyết vào thực tiễn thực hiện nhiệm vụ của LLVT quân khu. Cán bộ, đảng viên trong đảng bộ, LLVT quân khu tiếp tục phát huy truyền thống “Đoàn kết, chủ động, sáng tạo, hy sinh, chiến thắng”, nêu cao ý chí tự lực, tự cường, khắc phục khó khăn, phấn đấu, thực hiện thắng lợi nghị quyết đại hội, xây dựng đảng bộ vững mạnh tiêu biểu, LLVT quân khu vững mạnh toàn diện, hoàn thành thắng lợi mọi nhiệm vụ được giao.