Theo quan chức của Ban điều tra Tai nạn hàng không và đường sắt thuộc Bộ Đất đai, Cơ sở hạ tầng và Giao thông Hàn Quốc, hộp đen ghi dữ liệu chuyến bay (FDR) của máy bay Boeing 737 - 800 gặp nạn tại sân bay quốc tế Muan, cách Seoul khoảng 290 km về phía Tây Nam, đã bị hư hỏng vào thời điểm các nhân viên cứu hộ tìm được. Trong khi đó, hộp đen ghi âm buồng lái của máy bay (CVR) vẫn còn nguyên vẹn.

Máy bay gặp nạn đã không thể bung càng, buộc phải hạ cánh bằng bụng, trượt dài trên đường băng, sau đó đâm vào bước tường bê tông và phát nổ vào khoảng 9 giờ ngày 29/12 (giờ địa phương, khoảng 7 giờ theo giờ Việt Nam). Trên máy bay có tổng cộng 175 hành khách và 6 thành viên phi hành đoàn. Cơ quan Cứu hỏa quốc gia Hàn Quốc xác nhận tổng cộng 179 người đã thiệt mạng, 2 người được cứu sống. 

Một quan chức khác của ban điều tra cho biết việc xác định nguyên nhân chính xác của các vụ tai nạn có quy mô như thế này thường mất nhiều tháng và việc FDR bị hư hỏng có thể làm chậm trễ tiến trình điều tra. Thông thường nếu cả 2 hộp đen thu được không bị hư hại, việc giải mã có thể chỉ mất 1 tuần. Trong trường hợp FDR của máy bay Jeju Air phải chuyển đến Ủy ban An toàn giao thông quốc gia Mỹ (NTSB) để giải mã, quá trình này có thể mất ít nhất 6 tháng.