Từ chiều 7/9, bão số 3 đổ bộ vào đất liền, gây mưa và gió mạnh cấp 7, cấp 8, giật cấp 9, ảnh hưởng rất nghiêm trọng đến sản xuất nông nghiệp trên địa bàn tỉnh; làm một số công trình nhà ở bị tốc mái, hư hỏng; nhiều cột điện, cây xanh bị gãy đổ, nhiều đường dây điện bị đứt gây mất điện diện rộng; nhiều tuyến cáp truyền dẫn của các doanh nghiệp viễn thông bị đứt làm thông tin liên lạc bị gián đoạn.

Ngày sau đó, hoàn lưu bão gây mưa lớn kéo dài, kết hợp lũ từ thượng nguồn đổ về làm cho mực nước trên sông Đáy và sông Hồng lên rất nhanh. Ghi nhận đỉnh lũ trên sông Hồng là 7,50m vào hồi 0h00 ngày 12/9 (vượt Báo động III: 0,5m); trên sông Đáy là 5,22m vào hồi 03h00 ngày 13/9 (trên Báo động III: 1,22m, vượt lũ lịch sử năm 2017: 0,29m). Trên 4.000 hộ dân trong vùng ngập sâu phải di dời người và tài sản đến nơi an toàn. Toàn tỉnh có 15.861 căn nhà bị ảnh hưởng; trong đó, có 21 nhà bị thiệt hại hoàn toàn, 14.849 nhà bị ngập... ước thiệt hại về nhà 17,47 tỷ đồng. 45 công trình trường học, trạm y tế, thiết chế văn hóa bị ảnh hưởng, gây thiệt hại hơn 3 tỷ đồng.

Nông, lâm nghiệp, chăn nuôi, thủy sản là lĩnh vực bị thiệt hại nặng nề, ước tính 614,794 tỷ đồng. Trong đó, 7.129 ha lúa, 557 ha hoa màu, 557 ha cây trồng lâu năm, 656 ha cây trồng hằng năm và 696 ha cây ăn quả bị đổ, ngập; trên 6.000 cây xanh bị đổ, gãy; trên 120.000 con gia súc, gia cầm bị chết, nước cuốn trôi; 1.436 ha nuôi cá, 415 lồng bè nuôi thủy sản bị tràn ngập, cuốn trôi, ước thiệt hại 196,314 tỷ đồng.

Bão lũ gây 14 sự cố công trình đê điều, như: thẩm lậu, đùn sủi, sạt trượt mái đê. Nhiều công trình thủy lợi bị tràn bờ kênh, rò nước qua bờ kênh và một số hệ thống giao thông chính bị chia cắt do úng, ngập; 33 cột điện bị đổ, gãy; 15 trạm biến thế bị hư hỏng; 44 nhà xưởng, xí nghiệp, công trình công nghiệp bị ảnh hưởng, ước thiệt hại 68,790 tỷ đồng…