Hội đồng là tổ chức phối hợp liên ngành có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết các vấn đề quan trọng, liên ngành trong việc xây dựng, tổ chức thực hiện chủ trương, chiến lược, cơ chế, chính sách thúc đẩy phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo. Hội đồng có nhiệm vụ nghiên cứu, tư vấn, khuyến nghị, đề xuất với Thủ tướng phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành trong việc xây dựng và tổ chức thực hiện các chủ trương, chiến lược, cơ chế, chính sách thúc đẩy phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.

Bên cạnh đó, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp giữa các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trong quá trình thúc đẩy khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; thực hiện các nhiệm vụ khác được Thủ tướng Chính phủ giao.

Các thành viên Hội đồng làm việc theo Quy chế hoạt động của Hội đồng do Chủ tịch Hội đồng ban hành. Chủ tịch, Phó Chủ tịch Thường trực Hội đồng sử dụng con dấu của Thủ tướng Chính phủ; Phó Chủ tịch, Bộ trưởng Khoa học và Công nghệ sử dụng con dấu của bộ. Bộ Khoa học và Công nghệ là cơ quan thường trực của Hội đồng. Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ sử dụng bộ máy hiện có, tổ chức bộ phận chuyên môn giúp việc cho Hội đồng, bảo đảm không phát sinh biên chế. Các thành viên Hội đồng làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, đề cao trách nhiệm cá nhân và được hưởng các chế độ theo quy định hiện hành.